牙周病的系統治療一般來說主要分為四個階段，再輔以藥物治療。
第一階段：基礎治療。
首先，患者應學會自我控制菌斑的方法，如正確的刷牙方法和習慣；使用牙線和牙籤清除牙齒鄰面的菌斑和嵌塞的食物；使用菌斑顯示劑檢査菌斑控制情況；使用漱口劑保持口腔衛生等。患者應從一點一滴做起，不要因為怕麻煩或工作忙而簡化。還應定期去醫院，請醫生作專業治療，通常需作齦上潔治術(即平時所說的洗牙)，有些人還需作齦下刮治術以清除牙石、菌斑等致病因數。
第二階段：牙周手術和松牙固定術。
本階段應在牙周炎已得到控制並符合手術指征後進行，手術治療的目的是徹底清除病灶，創造一個良好的牙周環境，恢復牙列的健康和功能。手術的主要種類有：牙齦切除術，袋內壁刮治術、翻瓣術等。
第三階段：輔助治療。
包括調齡、矯正不良修復體、正畸治療牙列擁擠等。
第四階段：維護治療和定期復查。
應該半年復查一次，作齦上潔治術、齦下刮治術、拋光等治療。關於牙周病療效的研究資料證明，最好的牙周維護治療期是每3個月1次，能對成人牙周炎起穩定作用。因此，牙周維護治療是非常有價值的，應該作為人們日常生活中不可缺少的大事。
此外，牙周病治療過程中也應用一些藥物治療。
抗生素的應用：口服抗生素是牙周炎的常用輔助治療方法，尤其對控制急性炎症有肯定的療效。常用的藥物有四環素、螺旋黴素等。研究表明，牙周炎主要是厭氧菌感染，用甲硝哩治療能明顯改善牙齦出血、牙周溢膿等症狀。局部應用抗生素並配合其他療法可以加強療效，如應用洗必泰漱口液，局部應用碘氧療法和消炎收斂藥物等。近年來研究表明，牙周袋內放置甲硝哇等藥物的控釋劑或緩釋劑，可使局部藥物濃度大大增加，可提高療效，並減少全身用藥的副作用。
中醫中藥的應用：根據病人的病情和全身表現辨證施治，對某些病人能改善症狀。如急性牙周炎患者服用清熱解毒、瀉火藥物，慢性牙周炎腎虛型患者服用補腎藥物，可收到一定療效。
關於牙周病治療的遠期療效，很多人包括一些專業人士持懷疑態度。實際上，牙周病無論從診斷上還是治療上都是科學的、嚴謹的，甚至是可預言的，大部分患者治療後可以保持牙周健康。使大部分牙齒為人終生服務。應該強調的是牙周病的治療是一個系統的綜合治療過程。療效的取得需要依靠醫生和患者的共同合作。因此，患者必須嚴格按照醫生的要求配合治療，否則影響療效甚至前功盡棄。
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