根管治療後疼痛發生的主要原因有以下幾個方面：根管欠填是根管治療失敗最常見的原因。根管欠填時根尖封閉不良，組織液可滲入根管，導致根管內細菌繁殖，引起急、慢性根尖周炎發生。
由根尖周組織損傷引起的疼痛也是常見原因。根管清理及擴大時，激惹根尖的慢性炎症，使患牙發生急性根尖周炎；
牙髓未清理乾淨。根管治療時根管清理不徹底，根管內仍殘留有活力的牙髓，在機械損傷、藥物刺激和炎症等因素的綜合作用下產生疼痛；
根管遺漏。牙齒根管系統非常複雜，某些牙位根管常有變異，若在根管治療過程中有某個根管被遺漏了而沒有完成完善的根管治療，則可能成為病灶，導致殘髓炎或根尖周炎；
根管消毒效果欠佳。細菌感染是導致牙髓炎、根尖周炎的主要原因，根管消毒效果欠佳，根管內仍殘留較多細菌，可導致根管治療失敗；
藥物性疼痛。這與根管治療所用藥物本身的性質以及患者的個體差異有關。為儘量清除根管內感染物質，根管治療過程中需要進行根管沖洗和根管封藥消毒，個別患者會對臨床常用的根管消毒藥物反應明顯，產生疼痛；
牙齒劈裂。某些患者在根管治療後選擇充填補牙而沒有及時做牙套修復，結果咬硬物後牙齒劈裂引起疼痛，但這時牙齒可能已經無法保留了。患有牙髓炎、根尖周炎疾病而需根管治療的牙齒，多數牙體組織已經破壞，剩餘牙體組織量較少，且由於牙齒失去了來自牙髓的營養供應，造成牙齒的脆性增加、抗折力下降，承受咀嚼壓力時牙齒容易劈裂。因此，做完根管治療後的牙齒及時戴上牙套可大大減少牙齒劈裂的風險。
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